FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
Liste des annonces
2017/01/04 France Life Imaging recrute un chargé de mission, Paris
Le réseau national France Life Imaging (FLI) recherche un chargé de mission pour assurer
- l’animation et la coordination du noeud Paris Centre du réseau (20%)
- la coordination de la formation des personnels et des étudiants du réseau (40%)
- la communication nationale (40%)
Activités principales
- Noeud Paris Centre : gestion des interactions entre les plates-formes et laboratoires de recherche du noeud, suivi des projets et partenariats du guichet national, reporting, suivi du planning, du budget, soutien à la qualité et à la tarification, animation du noeud
- Work Package Formation : soutien à la mise en place des formations en lien avec l’INSTN et les organismes de formation continue des tutelles de FLI, suivi du budget, reporting, organisation opérationnelle des actions du work package, soutien et animation
du réseau français des jeunes imageurs
- Communication nationale : mise à jour du site internet, rédaction et diffusion de la newsletter, organisation de manifestations scientifiques, mise à jour de la mailing list, création de supports de communication (plaquettes, posters, …)
CDD de 12 à 18 mois.
2017/01/03 Ingénieur plateforme IMOSAR, Paris
L’ingénieur d’études du laboratoire Bioingénierie et Bioimagerie Ostéo-Articulaire (B2OA) devra faire fonctionner la plateforme d’imagerie IMOSAR (imagerie en recherche dans le domaine de l’ostéo-articulaire) focalisée sur l’imagerie multi-échelle dérivée des rayons X. La plateforme compte 2 micro-scanners type Skyscan 1172® et 1176® le premier dédié aux biomatériaux et pièces anatomiques et l’autre à l’imagerie préclinique.
CDD d'1 an renouvelable.
Activités
- Gérer le planning de la plateforme
- Assurer la formation et le support auprès des utilisateurs extérieurs (chercheurs et médecins) sur les appareils
- Assurer la formation des chercheurs aux outils de traitement d’image connexes à l’utilisation des appareils
- Assurer le suivi des opérations de maintenance des appareillages.
- Responsable de l’archivage des données et du bon fonctionnement des appareils
- Rédiger des procédures simples pour les utilisateurs
- Aider les chercheurs de l’équipe dans la réalisation de leur projet dans le domaine de l’imagerie
Compétences
Savoir généraux :
- Bases physiques sur les rayons X
- Maîtriser les systèmes d'exploitation Windows
- Maitriser les outils informatiques excell, word, power point.
- Maîtrise de l’anglais suffisante pour comprendre et interpréter la documentation et les modes d’emploi relatifs aux appareils, pouvoir communiquer avec les interlocuteurs anglophones développeurs
-Maîtrise de logiciels de traitement d’image tel qu’image J , AMIRA serait un plus
Savoir-faire opérationnel :
- Avoir de bonnes capacités de dialogue et d'écoute en particulier à l'interface entre ingénieurs et milieu médical
- Aptitude relationnelle
- Aptitude pédagogique
- Faire preuve de capacités d'organisation
- Savoir rédiger de la documentation technique adaptée aux utilisateurs
2017/01/03 Ingénieur plateforme IMOSAR, Paris
L’ingénieur d’études du laboratoire Bioingénierie et Bioimagerie Ostéo-Articulaire (B2OA) devra faire fonctionner la plateforme d’imagerie IMOSAR (imagerie en recherche dans le domaine de l’ostéo-articulaire) focalisée sur l’imagerie multi-échelle dérivée des rayons X. La plateforme compte 2 micro-scanners type Skyscan 1172® et 1176® le premier dédié aux biomatériaux et pièces anatomiques et l’autre à l’imagerie préclinique.
CDD d'1 an renouvelable.
Activités
- Gérer le planning de la plateforme
- Assurer la formation et le support auprès des utilisateurs extérieurs (chercheurs et médecins) sur les appareils
- Assurer la formation des chercheurs aux outils de traitement d’image connexes à l’utilisation des appareils
- Assurer le suivi des opérations de maintenance des appareillages.
- Responsable de l’archivage des données et du bon fonctionnement des appareils
- Rédiger des procédures simples pour les utilisateurs
- Aider les chercheurs de l’équipe dans la réalisation de leur projet dans le domaine de l’imagerie
Compétences
Savoir généraux :
- Bases physiques sur les rayons X
- Maîtriser les systèmes d'exploitation Windows
- Maitriser les outils informatiques excell, word, power point.
- Maîtrise de l’anglais suffisante pour comprendre et interpréter la documentation et les modes d’emploi relatifs aux appareils, pouvoir communiquer avec les interlocuteurs anglophones développeurs
-Maîtrise de logiciels de traitement d’image tel qu’image J , AMIRA serait un plus
Savoir-faire opérationnel :
- Avoir de bonnes capacités de dialogue et d'écoute en particulier à l'interface entre ingénieurs et milieu médical
- Aptitude relationnelle
- Aptitude pédagogique
- Faire preuve de capacités d'organisation
- Savoir rédiger de la documentation technique adaptée aux utilisateurs
2016/11/21 Post-doctoral position : Image analysis and brain magnetic resonance imaging, Tours
The position is dedicated to MRI image analysis in small (rats) and large (sheep) animal models. The project aims to compare brain morphometric (mainly Voxel-Based Morphometry) changes according to the reproductive cycle (virgin, early and late gestation, post-partum). The laboratory is equipped with all state of the art imaging facilities for large animals (CIRE platform: http://www6.val-de- loire.inra.fr/cire) including a 3T-MRI and a CT scan.
The position is initially for one year but extension up to 3 years in total is possible (funding: French national research agency and regional council).
Ideally the position will start beginning of 2017.
Only candidates with a very high motivation will be selected.
Chargé de mission pour France Life Imaging, Paris
Dans un environnement multidisciplinaire, le chef de projet a pour mission principale, sous l’autorité des coordinateurs principal et exécutif et des responsables scientifiques du projet (national), de développer les partenariats entre les plateformes FLI et les partenaires académiques et industriels nationaux et européens ainsi que d’animer le réseau.
La Mission est organisée en cinq tâches principales :
- Prospection de clients pour FLI : Cette tâche (1,5 jour par semaine) aura pour objectif la valorisation des services et ressources nouvelles offerts par les plateformes et services communs, des compétences et savoir-faire proposés auprès de clients potentiels de FLI.
- Gestion du guichet national : Cette tâche (1 jour par semaine) de coordination et de relai aura pour finalité la mise en oeuvre et le suivi des projets, la gestion des procédures d’accès aux clients des plateformes, la mise en place des contrats multi-noeuds ; la gestion de la propriété industrielle et des relations avec les industriels pour les contrats nationaux.
- Gestion des interactions avec les noeuds et les Work Packages (WP) de FLI : Cette tâche (1 jour par semaine) vise à assurer un point de contact pour les utilisateurs et le suivi de leurs projets.
- Gestion des interactions scientifiques et techniques avec le back office et le front office ANR : Cette dernière tâche (0,5 jour par semaine) a pour objectif d’assurer un point pivot pour les échanges ponctuels avec l’ANR relatifs à la communication et à la coordination nationale.
- Communication : cette tâche (1 jour par semaine) aura pour objectif l’exploitation du site Web, la newsletter, mailing, l’événementiel mis en place dans le cadre du projet FLI.
CDD de 18 mois.
Chargé de mission pour France Life Imaging, Paris
Dans un environnement multidisciplinaire, le chef de projet a pour mission principale, sous l’autorité des coordinateurs principal et exécutif et des responsables scientifiques du projet (national), de développer les partenariats entre les plateformes FLI et les partenaires académiques et industriels nationaux et européens ainsi que d’animer le réseau.
La Mission est organisée en cinq tâches principales :
- Prospection de clients pour FLI : Cette tâche (1,5 jour par semaine) aura pour objectif la valorisation des services et ressources nouvelles offerts par les plateformes et services communs, des compétences et savoir-faire proposés auprès de clients potentiels de FLI.
- Gestion du guichet national : Cette tâche (1 jour par semaine) de coordination et de relai aura pour finalité la mise en oeuvre et le suivi des projets, la gestion des procédures d’accès aux clients des plateformes, la mise en place des contrats multi-noeuds ; la gestion de la propriété industrielle et des relations avec les industriels pour les contrats nationaux.
- Gestion des interactions avec les noeuds et les Work Packages (WP) de FLI : Cette tâche (1 jour par semaine) vise à assurer un point de contact pour les utilisateurs et le suivi de leurs projets.
- Gestion des interactions scientifiques et techniques avec le back office et le front office ANR : Cette dernière tâche (0,5 jour par semaine) a pour objectif d’assurer un point pivot pour les échanges ponctuels avec l’ANR relatifs à la communication et à la coordination nationale.
- Communication : cette tâche (1 jour par semaine) aura pour objectif l’exploitation du site Web, la newsletter, mailing, l’événementiel mis en place dans le cadre du projet FLI.
CDD de 18 mois.
PhD student in ultrasound-based elastography, Strasbourg
Development of innovative in vivo mechanical measurements using ultrasound-based elastography for abdominal Computer Assisted Surgery
Director: Jonathan Vappou, Associate Research Scientist at CNRS, ICube laboratory
Co-supervisor: Simon Chatelin, Associate Research Scientist at CNRS, ICube laboratory
Co-supervisor: Daniel George, Associate Professor, ICube laboratory
Starting date: between Dec. 2016 and Apr. 2017 (for 3 years)
Recent technological advances have greatly contributed to the fast growth of both image-guided and Computer-Assisted Surgery (CAS) in both clinical and basic science research. In spite of recent progresses in 3D anatomical modelling, there is still a critical lack of knowledge of in vivo mechanical properties that would improve the realism of the per-operative simulators dedicated to abdominal surgery. Mapping accurately the in vivo nonlinear mechanical properties of healthy, as well as pathological organs, is one of the leading challenges in CAS. Over the past decades, the non-invasive mapping of the mechanical characteristics of the organs in vivo (elastography using medical imaging) has emerged has a major research topic in the field of medical diagnosis and assistance to surgical procedures. While the surgical practice involves large deformation of soft tissues (mostly linked with the nonlinear behavior), the vast majority of commercially-available tools and methods from research laboratories are restricted to the characterization of the mechanical response under small deformation (mostly linked with the linear behavior and pure elasticity).
This PhD thesis is part of the UNILiverS project (Ultrasonic Nonlinear Indenter for Liver Surgery) aiming at innovative development in elastography dedicated to CAS, and taking place within the IHU-Strasbourg (Institut Hospitalo Universitaire, Institute for Image Guided Surgery). In this project, we propose to develop mechanical-imaging methods for the quantification of the non-linear mechanical properties of the hepatic tissue. Relying on innovative ultrasound-based indentation probes, allowing to obtain unprecedented a posteriori in vivo mechanical parameters (such as nonlinear mechanical properties), the objective of the UNILiverS project is double: (1) Improving the realism of numerical models used per-operative simulation in augmented-realism surgery; (2) Providing a new surrogate for hepatic portal venous pressure and thus a novel biomarker for the follow-up of hepatic resections. We expect this project to have a high impact in the fields of surgical simulation and hepatic surgery.
Objectives
The main objective of this thesis is to investigate, validate and demonstrate the clinical relevance of measuring the nonlinear mechanical properties of liver tissue in vivo for CAS using a novel ultrasonic elastography approach, through four main tasks:
(1) Development of a 2D ultrasonic experimental nonlinear system for the nonlinear mechanical characterization;
(2) Use of this new mechanical characteristics for the improvement of liver Finite Element Models dedicated to per-operative numerical simulations of hepatic surgery. This step will be performed in collaboration with the MMB team (Multiscale Materials and Biomechanics team) of the ICube laboratory;
(3) Development of a 1D ultrasonic experimental nonlinear system for the nonlinear mechanical characterization. This step will be performed in close collaboration with an engineer devoted to this project and subcontract with industrials;
(4) Application of the new prototype for measurement of hepatic portal venous pressure. This step will be performed in close collaboration with surgeons and engineers of the IHU Strasbourg for validation and comparison with catheters and MRI protocols.
This strongly multidisciplinary thesis will involve the following fields/skills: Medical Imaging, and echography in particular (physics and pulse sequence programming); Biomechanics; Finite Element Modeling; Image processing; computer aided design. Presentations in international conferences and perspectives are expected from this PhD thesis in the scientific, industrial and medical communities.
Thèse sur l’élastographie ultrasonore, Strasbourg
Méthodes de mesure mécanique in vivo innovantes par élastographie ultrasonore pour la chirurgie assistée par ordinateur
Directeur de thèse : Jonathan Vappou, Chargé de Recherche CNRS, Laboratoire ICube
Co-encadrant de thèse : Simon Chatelin, Chargé de Recherche CNRS, Laboratoire ICube
Co-encadrant de thèse : Daniel George, Maître de Conférences, Laboratoire ICube
Début de thèse estimé: Entre Déc. 2016 et Avr. 2017 (durée 3 ans)
Les récentes avancées technologiques ont grandement contribué à la croissance rapide des Gestes Médico Chirurgicaux Assistés par Ordinateurs (GMCAO), notamment pour la réalité augmentée peropératoire et la chirurgie guidée par l’image. Malgré de nombreux progrès en termes de modélisation 3D des organes, il y a toujours à l’heure actuelle un manque critique d’outils permettant la caractérisation mécanique in vivo réaliste des organes, notamment abdominaux, pourtant essentielle à leur modélisation. Cartographier de façon robuste et précise les propriétés mécaniques des organes sains et pathologiques reste aujourd’hui un défi majeur dans le cadre des GMCAO. Au cours des dernières décennies, la cartographie non-invasive des caractéristiques mécaniques des organes in vivo (élastographie par imagerie médicale) s’est imposée comme sujet de recherche majeur dans le domaine du diagnostic médical et de l'assistance aux interventions chirurgicales. Bien que la pratique chirurgicale implique une déformation importante des tissus mous (principalement liée au comportement non linéaire), la grande majorité des outils et des méthodes actuels sont limités à la caractérisation de la réponse mécanique sous petite déformation (principalement liée au comportement linéaire).
Cette thèse de doctorat est partie intégrante d’un projet financé par l’IHU-Strasbourg (Institut Hospitalo Universitaire, Institut de Chirurgie Guidée par l'Image) (projet UNILiverS : Ultrasonic Nonlinear Indenter for Liver Surgery) visant au développement innovant de l’élastographie pour les GMCAO. Dans le cadre de ce projet, nous proposons de développer des méthodes d’imagerie pour la caractérisation des propriétés mécaniques non linéaires du tissu hépatique. En s’appuyant sur le développement de sondes innovantes couplant échographie et indentation et en fournissant ainsi des paramètres mécaniques in vivo originaux (propriétés mécaniques non linéaires), l’objectif du projet UNILiverS est double : (1) augmenter le réalisme de modèles hépatiques actuellement utilisés pour la réalité augmentée peropératoire ; (2) proposer un nouveau biomarqueur de la pression veineuse portale et, par extension, du suivi post-opératoire des résections hépatiques. Ce projet présente un très fort potentiel dans les domaines de la simulation chirurgicale et de la chirurgie hépatique.
Résumé du sujet de thèse
Les principaux objectifs de cette thèse consistent à analyser, valider et démontrer la faisabilité et le potentiel clinique de la mesure des propriétés mécaniques non linéaires du tissu hépatique in vivo pour les GMCAO à l’aide d’une nouvelle approche élastographique, et ce au travers de quatre axes principaux :
(1) Développement d’un système expérimental de sonde échographique 2D pour la caractérisation mécanique non linéaire ;
(2) Application pour l’optimisation de Modèles par Eléments Finis dédiés à la simulation numérique peropératoire pour la chirurgie hépatique. Cette étape sera effectuée en collaboration avec l’équipe MMB du laboratoire ICube (Modélisations Multi-échelles pour la Biomécanique) ;
(3) Développement d’un prototype de sonde échographique 1D pour la caractérisation mécanique non linéaire. Cette étape sera réalisée en étroite collaboration avec un ingénieur recruté dans le cadre de ce projet ainsi qu’en contact avec des industriels pour sous-traitance :
(4) Application du nouveau prototype pour la mesure de la pression veineuse portale. Cette étape sera effectuée en collaboration avec des chirurgiens et ingénieurs de l’IHU Strasbourg, pour la validation et la comparaison avec d’autres techniques par IRM et pose de cathéters.
Cette thèse, fortement multidisciplinaire, mettra en jeu les disciplines / domaines / compétences suivantes : imagerie médicale, et tout spécialement échographique (principes physiques et programmation de séquences) ; Biomécanique ; Modélisation par Eléments Finis ; Traitement d’image ; conception assistée par ordinateur. Des présentations en conférences internationales ainsi que des perspectives majeures sont attendues dans le cadre de cette thèse dans les communautés scientifiques, industrielles et médicales.
Poste de physicien IRM à très haut champ, CEA Saclay
L'IRM à très haut champ à 11.7T nécessite pour convertir l'augmentation du champ magnétique en gain de résolution spatiale, temporelle, spectrale de résoudre les difficultés techniques apparaissant avec l'augmentation du champ. En particulier, les ondes radiofréquences requises pour faire rentrer les spins des protons en résonance devient très hétérogène à 11.7T, et il convient d'utiliser un réseau d'antennes sur lesquelles sont émises des impulsions radiofréquences spécifiques dont la construction des profils d'amplitude et de phase résulte de la résolution des équations de Bloch sous contrainte d'un profil d'excitation homogène sur le champ de vue ciblé. Ces méthodes de design d'impulsions radiofréquences connues sous le nom de technique pTx (pour « parallel transmission imaging ») sont devenues une des expertises internationalement reconnues de l'UNIRS avec les développements menés
sur l'IRM clinique 7T de NeuroSpin. Le développement de ces méthodes est essentiel à 11.7T où le niveau d'hétérogénéité du signal est accrû comparativement à 7T.
Pour poursuivre les développements, l'équipe METRIC de l'UNIRS doit être renforcée par le recrutement d'un ingénieur-chercheur doté d'une compétence en physique de l'IRM à très haut champ (11.7T) et spécialiste du design d'ondes radiofréquences afin de développer l'imagerie par résonance magnétique chez l'homme à 11.7T.
Les principales missions du physicien IRM à très haut champ couvriront l'ensemble des activités correspondant au développement des méthodes de transmission parallèle à 11.7T couvrant l'ensemble de la panoplie des séquences d'imagerie et de spectroscopie requise pour explorer l'anatomie et le fonctionnement du cerveau humain. Les différents projets que le chercheur recruté devra encadrer auront pour objectif principal de permettre la réalisation d'une imagerie de très haute résolution (échelle mésoscopique visée d'une centaine de micromètres) qui tire partie des techniques de transmission parallèle. Dans le cadre de cette activité de recherche, le candidat sera amené à répondre aux appels d'offre du domaine afin de pérenniser son activité de recherche et de constituer une équipe de thésards et post-doctorants dont il assurera l'encadrement.
Par ailleurs, le candidat participera activement aux tâches de logistique de la plateforme de NeuroSpin (notamment au service de l'IRM 11.7T clinique), y compris au service des autres équipes du centre (UNATI, UNIACT, UNICOG), et collaborera activement aux projets de
recherche des équipes locales, nationales et internationales qui seront amenées à intervenir sur l'IRM à 11.7T.
Faculty position at Telecom ParisTech
The group aims at developing its research activities at the cross-road for artificial intelligence and image understanding, with applications in the domain of health, in particular biomedical imaging: data and knowledge representation, reconciliation of uncertain, heterogeneous, inconsistent data, exploitation of domain knowledge to produce information of better quality, complete, patient
specific, and to enrich automatically knowledge models, optimized analysis exploiting knowledge and reasoning methods, etc.
The association of symbolic and structural methods on the one hand (graphs, semantic networks, ontologies, spatial logics) and of numerical methods on the other hand (learning, image analysis, computer vision) is therefore of prime importance, but still under-explored.
The applicant is expected to have competences and skills in the domain of image and artificial intelligence, including modeling, with a strong background in applied mathematics or computer sciences. The applicant should also show pedagogical skills and be able to teach in particular courses in machine learning and image processing. The candidate will also be encouraged to participate in new collaborative projects.
Required skills
PhD or equivalent
Outstanding academic record
Strong knowledge, at both theoretical and applicative levels, in one or several of the following domains:
- mathematical or computer science modeling for images,
- machine learning and artificial intelligence,
- biomedical imaging.
Experience in teaching if possible and pedagogical skills, ability to teach basic and advanced methods in machine learning, and applications in biomedical imaging.
Languages:
English
French, or willing to learn french on the long term.
Desired skills
• A post-doctoral or international experience, in an academic or industrial environment will be appreciated.
Other skills
• Team player, good social skills, able to develop international academic and industrial partnerships.
• Ability to attract grants and funding at national and European levels.
• Autonomous, self-motivated.
Application
The application file should be sent to the "service des Ressources Humaines'' (recrutement[at]telecom-paristech.fr) with copy to isabelle.bloch[at]telecom-paristech.fr and should contain:
• a detailed curriculum vitae,
• a letter of motivation,
• a document summarizing her/his experience in research and teaching, each of these activities being exposed with a thorough description of the different items,
• his/her three major publications,
• names, addresses and electronic addresses of two highly qualified faculty members able to make recommendation on the applicant,
• a research and teaching project (maximum length: 3 pages),
• if relevant, a link to a web page with additional information (demonstrations, courses, complete publications…).
Important dates
• Deadline for applications: November 2, 2016.
• Interview of selected candidates: December 2, 2016
• Position start: beginning of 2017